蛋白質分析儀分為蛋白水解分析系統（鈉鹽系統）和游離氨基酸分析系統（鋰鹽系統），利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。其中鈉鹽系統一次zui多分析約25種氨基酸，速度較快，基線平直度好；鋰鹽系統一次zui多分析約50種氨基酸，速度較慢，基線一般不如鈉鹽系統好。采用該套檢驗流程，能盡早篩選出低蛋白奶粉，檢測質量，既滿足了快速檢測的需要，又能檢驗結果的性，特別適合于特殊時期快速、大批量檢測奶粉中蛋白質含量。
這些產物對一定波長可見光會產生有選擇性吸收，顏色的深淺即吸光度的高低與樣品中特征氨基酸的濃度成相關性。因此檢測的吸光度值經蛋白質分析儀內置的標準曲線軟件，結合該特征氨基酸占蛋白質比例自動計算，得出樣品中蛋白質的濃度。蛋白質是生命的物質基礎，是構成細胞的基本有機物。沒有蛋白質就沒有生命。因此，它是與生命及與各種形式的生命活動緊密在一起的物質。蛋白質，尤其是動物性蛋白攝入過多，對人體同樣有害。過多的動物蛋白攝入，同時造成含硫氨基酸攝入過多，這樣可加速骨骼中鈣質的丟失，易產生骨質疏松。利用蛋白質測定儀的過程中，還須注意所有試劑均用不含氨的蒸餾水配制。蒸汽發生瓶中水呈酸性，以防在堿性時水中游離氨被蒸出而使結果偏高，蛋白質測定儀測定蛋白質，其結果受多方面因素的影響，為使測定結果，在測定時應引起高度重視。
